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生物芯片服务
一、基因表达谱芯片技术服务
基因表达谱芯片可使科研工作者实现在mRNA水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它
与传统的研究基因表达的方法(如差异cDNA文库筛选、Northern blot和PCR)相比较,可为使用者节省大量的
研究经费和时间,并获得范围更广、更具有关联性的研究结果。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对
象在特定生物过程中(如疾病、发育、分化、凋亡等)基因表达变化的全面信息。目前已经广泛应用于基因表
达检测、基因功能研究、新基因识别、药物靶点筛选、药物作用机理和毒理、疾病相关基因和生物标记物等众多研究领域。
目前国内市场上有多种表达谱芯片产品可供选择,affymetrix 公司芯片;Agilent 公司芯片;Illumina
公司芯片; SuperArray 公司膜片。上海基星生物主要为客户提供Affymetrix、Agilent、Nimblegen等基因表
达谱芯片服务。我公司会根据您的课题特点和经费预算,给出最佳研究方案。并在规定时间内,根据标准化的
规范的商务合同约定,完成您委托的芯片实验,并根据合同要求,提供完整,详尽,规范的实验结果报告,以及实验评价报告。
二、基因表达谱芯片介绍
Affymetrix系列基因芯片服务
美国Affymetrix公司是目前全球基因芯片行业的领头羊,以其专利的寡核苷酸原位光刻合成技术,年产各
类寡聚核苷酸基因芯片几十万张,占据了基因芯片科研市场的较大份额。Affymetrix公司生产的基因芯片,包
括表达谱芯片(如人,大鼠,小鼠,果蝇,拟南芥,酵母和大肠杆菌等多个物种),外显子检测芯片,叠片式
芯片(Tiling array和promoter array),SNP芯片。这些产品可以用于研究机构和生物制药公司,进行转录
组研究、疾病基因相关性研究、基因制药研究和新药筛选等。
Affymetrix芯片系列产品概述
Affymetrix 是原位合成寡核苷酸技术的首创者,是基因芯片的早期开发者, 在基因芯片行业一直处于领
先的地位。Affymetrix专利的寡核苷酸原位光刻合成技术使得芯片上的信息储量最大化,使研究工作者们可以
通过全基因组研究对遗传学与健康之间的关系进行分析。其产品具有种类丰富、信息量大的特点。目前,
Affymetrix公司已为许多世界顶级的制药、临床检验及生物技术企业、教育机构、政府、非盈利研究组织提供
了技术服务,已有4000余篇利用其技术发表的论文。
具体芯片特点如下:
光蚀刻原位合成的寡核苷酸芯片:该方法的最大有点在于用很少的步骤可合成大量的DNA阵列。
高密度的点阵技术:1个平方里面的面积至少可排列几十万到一百多万个探针合成区(“点”)。
独特的PM-MM探针设计:使得特异性和灵敏度的提高,芯片结果准确可靠。
极其丰富的数据信息。
光蚀刻原位合成的寡核苷酸芯片:
独特的PM-MM探针设计
高密度的点阵技术:
极其丰富的数据信息
Mapping 100K Set
SNP在全基因组上覆盖的平均物理距离是23.6kb
SNP在全基因组上覆盖的中值距离是8.5kb
SNP在全基因组上覆盖的平均杂合度为0.30
其中92%的SNP位点间距小于100kb
其中40%的SNP位点间距小于10kb
Mapping 10K 2.0 Array
SNP在全基因组上覆盖的平均物理距离是258kb
SNP在全基因组上覆盖的中值是113kb
平均杂合度为0.38
平均的遗传距离是0.36cm
Mapping 500K Array Set
点矩:5μm
平均异质性(average heterozygosity):0.30
平均次等位基因率(average minor allelo frequency):0.22
25万个SNP标记
每4.5kb就有1个maker,而人类基因组3×109,也就是就每个基因基本
大鼠基因组芯片
大鼠基因组芯片
1、Rat Genome 230 2.0 Array
包含有31,000个probe sets,代表28,000个明晰的大鼠基因。
序列来源于GenBank , dbEST, RefSeq等权威数据库。
2、Rat Expression Set 230
由两张芯片组成,包含有31,000个probe sets。
涵盖30,200个转录本及突变体,包括了28,000多个大鼠基因。
序列来源于GenBank , dbEST, RefSeq等权威数据库。
其他物种基因组芯片
(1) 拟南芥基因组ATH1芯片
Arabidopsis ATH1 Genome Array
(2) 拟南芥基因组芯片
Arabidopsis Genome Array
(3) 枯草芽孢杆菌反义基因组芯片
B.subtilis Genome Array (Antisense)
(4) 大麦基因组芯片
Barley Genome Array
(5) 牛基因组芯片
Bovine Genome Array
(6) 犬基因组芯片
Canine Genome 2.0 Array
(7) 线虫基因组芯片
C.elegans Genome Array
(8) 鸡基因组芯片
Chicken Genome Array
(9) 果蝇基因组芯片
Drosophila Genome 2.0 Array
(10)大肠杆菌基因组芯片
E coli Genome 2.0 Array
(11)大肠杆菌反义基因组芯片
E. coli Antisense Genome Array
(12)玉米基因组芯片
Maize Genome Array
(13)苜蓿基因组芯片
Medicago Genome Array
(14)绿脓杆菌基因组芯片
P aeruginosa Genome Array
(15)恶性疟原虫/按蚊基因组芯片
Plasmodium/Anopheles Genome Array
(16)白杨基因组芯片
Poplar Genome Array
(17)猪基因组芯片
Porcine Genome Array
(18)恒河猴基因组芯片
Rhesus Macaque Genome Array
(19)水稻基因组芯片
Rice Genome Array
(20)金黄色葡萄球菌基因组芯片
S.aureus Genome Array
(21)大豆基因组芯片
Soybean Genome Array
(22)甘蔗基因组芯片
Sugar Cane Genome Array
(23)西红柿基因组芯片
Tomato Genome Array
(24)葡萄基因组芯片
V.vinifera Genome Array
(25)小麦基因组芯片
Wheat Genome Array
(26)爪蟾基因组芯片
Xenopus laevis Genome Array
(27)酵母基因组芯片
Yeast Genome 2.0 Array
(28)斑马鱼基因组芯片
Zebrafish Genome Array
人类全基因组表达谱芯片
人类全基因组表达谱芯片
1、Human Genome U133 Plus 2.0 Array
代表人类全基因组47,000个转录本,代表了38,500个明晰的人类基因。
基于数据库GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database(Build 159 January 25 2003)、Washington University EST
trace repository、NCBI human genome assembly(Build 31)。
2、133A 2.0 Array
U133A的升级版U133A2.0,涵盖了18,400个转录本,代表了14,500明晰的基因。
22,000个probe sets, 具有5,00,000个寡核甘酸探针。
3、Human Genome U133 Set
由两张芯片组成,包含有45,000个probe sets。
共涵盖39,000个转录本,代表着33,000个明晰的人类基因。
4、Human Genome Focus Array
涵盖了8,500多个明确的人类基因序列。
均来自NCBI高质量的RefSeq数据库。
5、Human X3P Array
专门为福尔马林固定和石蜡包埋的样本设计了一款X3P的全基因组芯片。
代表了47,000个转录本,61,000探针组。
专门针对这种样本降解比较严重的特点,将探针集中设计在紧靠在3’端300个碱基的范围内。
小鼠基因组芯片
1、Mouse Genome 430 2.0 Array
涵盖了39,000个转录本,代表34,000个明晰的小鼠基因。
基于数据库GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database。
2、Mouse Genome 430A 2.0 Array
集中全长基因的一张基因芯片。
涵盖了14,484条全长基因,非全长基因的Non-EST3,771条,EST4,371条。
这些序列代表了14,000条比较明确的基因。
3、Mouse Expression Set 430
由两张芯片组成,包含有45,000个probe sets。
代表着34,000个明晰的小鼠基因。
Agilent系列基因芯片服务
Agilent公司利用高度灵活的工业级喷墨打印技术,发明了无需昂贵光掩罩的DNA微阵列生产方法(
SurePrint技术),生产的60-mer寡核苷酸阵列比短寡核苷酸阵列检测灵敏度高八倍。Agilent公司生产的基因
芯片,包括表达谱芯片(如人,大鼠,小鼠,果蝇,拟南芥,酵母和大肠杆菌等多个物种),ChIP-on-chip芯片和aCGH芯片。这些产品可以用于研究机构和生物制药公司。
Agilent基因表达谱芯片服务
Agilent表达谱芯片产品覆盖多种模式生物,包括人,大鼠,小鼠,果蝇,拟南芥,酵母和大肠杆菌等多个物
种)。芯片格式包括44K,22K,11K,4×44K,8×15K,以4×44K为例,在一张芯片上共有4个全基因组微阵列
,可减少您的芯片实验成本。而且,同一玻片内的实验误差极低,令您的实验设计更加完美和轻松。
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服务定购信息
服务目录号
服务名称
芯片信息
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